Directório do programa (directório onde está o eMule.exe)
/backup: as cópias de segurança serão guardadas aqui a não ser que o utilizador configure de outra forma
/config: os ficheiros de configuração (.dat, .ini e .met) são guardados neste directório
/db: directório para a base de dados Berkeley usada pelo eMule Plus koizo
/webserver: directório que contém todas as imagens usadas pelo Servidor Web

eMule.tmpl: template para o Servidor Web, pode ser alterado ao gosto do utilizador
eMuleLight.tmpl: template para o Servidor Web, pode ser alterado ao gosto do utilizador
eMuleXP.tmpl: template para o Servidor Web, pode ser alterado ao gosto do utilizador
 

Directório Config
ac_searchstrings.dat: pesquisas efectuadas (para o auto-complete)
addresses.dat: uma lista de fornecedores de listas de servidores
cryptkey.dat: guarda a identificação segura (se for apagado todos os créditos serão perdidos)
gui.dat: guarda as opções relativas aos vários componentes da janela de transferências
ipfilter.dat: ranges de IPs a filtrar (não há transferências de/para estes IPs)
onlinesig.dat: ficheiro com estatísticas para programas que geram assinaturas (Online Signature)
partperm.dat: guarda permissões para os vários ficheiros (srmb's PartStatus feature)
preferences.dat: informação sobre o cliente (não apagues senão perdes todos os créditos que tiveres)
shareddir: guarda a lista de directorias partilhadas
staticservers.dat: lista de servidores fixos (não podem ser apagados pelo programa)
tempdir.dat: guarda a lista de directorias para ficheiros temporários
traffic.dat: guarda estatísticas de uploads para a opção xrmb Part Traffic (só para ficheiros completos)
userhash.dat: guarda o user hash (não apagues senão perdes todos os créditos que tiveres)
webservices.dat: ficheiro de configuração dos WebServices
category.ini: guarda informação sobre as categorias
fileinfo.ini: guarda os comentários dos ficheiros adicionados pelo utilizador
preferences.ini: guarda a configuração principal do eMule
koizoscheduler.ini: guarda a configuração do temporizador do koizo
debug.log: registo avançado de eventos (tem que ser ligado na configuração)
emule.log: registo de eventos (tem que ser ligado na configuração)
notify.log: registo de notificações (tem que ser ligado na configuração)
clients.met: guarda os créditos dos utilizadores que te fizeram uploads
emfriends.met: lista dos amigos
known.met: guarda as hashes dos ficheiros partilhados e a transferir
server.met: lista de servidores
ipranges.*.txt: ranges de IPs nacionais para o filtro Bowlfish
 

Directoria dos ficheiros temporários
001.part: o ficheiro que está a ser transferido
001.part.met: guarda o nome do ficheiro, informação sobre as partes e a prioridade
001.part.met.bak: cópia de segurança do 001.part.met para recuperação em caso de crash
001.part.met.dir: guarda a directoria onde o ficheiro será guardado quando terminado
001.part.met.settings: guarda o modo de previsão, gestão de blocos super-comprimidos e estado de pré-alocação para o ficheiro
001.part.txtsrc: guarda as fontes encontradas para serem usadas noutras sessões
001.part.stats: guarda as estatísticas sobre as partes enviadas para os ficheiros que estão a ser recebidos